Kult svätého Petra nevznikol v starokresťanskej tradícii hneď po apoštolovej smrti; jeho rozvoj je nerozlučne spojený s utváraním kultu svätého Pavla, ktorý bol sťatý mečom roku 67 na mieste nazývanom ad Aquas Salvias, na južnom okraji Ríma v blízkosti Ostijskej cesty (Via Ostiense).
V období, keď obidvaja podstúpili mučenícku smrť, kresťania predstavovali v Ríme náboženskú menšinu, ktorú cisárska moc považovala za sektu ohrozujúcu autoritu oficiálneho náboženského kultu. Ako nepriatelia štátu boli vystavení krutému prenasledovaniu; boli trestaní vyhnanstvom alebo smrťou. V tých časoch nebolo miesta pre okázalé obrady ani stavanie impozantných sôch. Za zachovanie ostatkov prvého rímskeho biskupa vďačíme jeho druhému nástupcovi svätému Anaklétovi, ktorý dal zhotoviť osobitný relikviár ̶ z kameňa vytesanú truhlicu, do ktorej bolo uložených niekoľko apoštolových kostí. Dokladá to aj svedectvo istého kňaza menom Gaius, ktorý žil počas pontifikátu sv. Zeferína (199 ̶ 217). Podľa neho hroby obidvoch kniežat Apoštolov a „zakladateľov“ rímskej cirkvi ̶ Petra a Pavla ̶ sa nachádzali už v starokresťanskom období v Ríme: prvý vo Vatikáne, druhý pri Ostijskej ceste, kde dnes stojí Bazilika svätého Pavla za hradbami.
Niektorí uznávaní historici sa nazdávajú, že prví kresťania v roku 258 ukryli ostatky obidvoch apoštolov v katakombách. Tento krok súvisel s vydaním ediktu cisára Valeriana, ktorý bol namierený osobitne proti biskupom, kňazom a diakonom: pod hrozbou trestu smrti sa im nariaďovalo obetovať pohanským bohom a zároveň sa im zakazovalo pochovávať mŕtvych na kresťanských cintorínoch. Keď sa táto vlna prenasledovania (koľká v poradí!) skončila, relikvie obidvoch svätcov sa vrátili na pôvodne miesto ich odpočinku.
Rozhodujúci obrat pre prvých kresťanov nastal v roku 313, keď cisár Konštantín I. so svojim spoluvládcom Liciniom vydal Milánsky edikt, ktorým bola kresťanom zaručená v celej ríši sloboda vyznania. Medzičasom sa vďaka Petrovmu hrobu pôvodná pohanská nekropola rozrástla na rozsiahle kresťanské pohrebisko, na ktorom sa pochovávalo až do začiatku 4. storočia. Konštantín Veľký dal napokon na prianie pápeža Silvestra I. zrovnať toto miesto, aby sa vytvoril priestor pre stavbu novej baziliky nad hrobom prvého kniežaťa Apoštolov.
Bazilika vznikla pravdepodobne medzi rokmi 319 ̶ 322. Po jej dokončení vzbudzovala obdiv súčasníkov pre svoju veľkosť a nádheru. Táto prvá sakrálna stavba nad hrobom apoštola Petra prešla za takmer dvanásť storočí svojej existencie viacerými stavebnými úpravami a výzdobami podľa požiadaviek jednotlivých pápežov. Konštantínova bazilika existovala až do prelomu 15. a 16. storočia, keď sa za pontifikátu Júliusa II. začalo s radikálnou prestavbou baziliky, výsledkom ktorých je jej dnešný vzhľad. Prestavbové práce boli vo viacerých etapách ̶ od Bramanteho cez Giuliana Sangalla, Raffaela Santiho, Michelangela, Giacoma della Porta až po Carla Maderna ̶ projektované tak, aby sa zdôraznila idea vertikálnosti: hlavná kupola ako dominanta chrámu viditeľná zo všetkých strán má upriamiť pozornosť pútnikov prichádzajúcich do Ríma zo všetkých smerov na prítomnosť ostatkov kniežaťa Apoštolov ̶ svätého Petra. Zatiaľ čo dominantný vonkajší vzhľad baziliky je výsledkom spolupráce týchto geniálnych architektov, v interiéri chrámu zhmotnil túto ideu vertikálnosti nemenej geniálny sochár a architekt Gian Lorenzo Bernini, ktorý umiestnil do veľkorysého priestoru pod hlavou kupolou štyri mohutné bronzové stĺpy baldachýnu dodávajúceho vznešený vzhľad hlavnému oltáru nad hrobom prvého apoštola.
Koncom druhého storočia badať snahy rímskych biskupov objasniť chronologické poradie ich predchodcov. Táto postupnosť bola zo známych príčin hmlistá a niekedy zámerne utajovaná. Najstaršie pramene pre poznanie najstaršieho obdobia pápežstva sú zoznamy Ireneja z Lugdunu (dnešný Lyon; 180), Eusébia z Caesarey († 339) a Catalogus Liberianus (354), no ich spoľahlivosť pre približne prvé dve storočia je sporná. Už v tomto období sa však konštatuje s istotou, že spoluzakladateľmi rímskej cirkvi boli sv. Peter a sv. Pavol a že obaja poverili jej vedením istého Lina, o ktorom však máme z dobových prameňov len minimum informácií. Až dovtedy sa síce kresťania uspokojovali s presnejšie neurčeným kolektívnym vedením cirkevnej obce, ale politické pomery a stupňujúce sa teologické spory ich prinútili prejsť k monarchickému spôsobu jej spravovania : za hlavu bola určená jediná, všeobecne uznávaná osoba. Po Linovi to boli: Anaklét, Kliment (údajne posledný biskup, ktorý sa osobne poznal s Petrom a Pavlom), Evarist, Alexander, Sixtus, Telesfor, Hygin, Pius, Anicet, Soter a Eleuter. Toto je len prvých dvanásť mien z dvestošesťdesiatšesť článkovej reťaze rímskych biskupov, ktorých postupnosť spočíva na princípe apoštolskej sukcesie: každý z nich je nástupcom predchádzajúceho biskupa, pričom východiskovým bodom tohto nástupníctva je apoštol Peter. Už v ranom kresťanstve bola teda rozšírená viera, že rímsky biskup, čiže hlava najväčšej a najstaršej cirkvi, bude navždy hlavou univerzálnej Cirkvi.
Táto cirkevná tradícia sa udržala až do súčasnosti, hoci v minulosti to bolo spojené s nemalými úskaliami. Z nej čerpáme istotu, že súčasní pápeži, ktorí sú v prvom rade rímski biskupi, sú zároveň dôstojnými nástupcami kniežaťa apoštolov ̶ svätého Petra, ktorý bol prvým pápežom v dejinách Cirkvi aj napriek tomu, že v jeho dobe sa toto označenie ešte nepoužívalo.
